Muzeum otwarto w sobotę 10 września 2016 roku.
Kompleks wojskowy w Podborsku został zbudowany przez Wojsko Polskie w latach 1967-69 i przekazany w 1970 roku na mocy umowy PRL-ZSRR stronie radzieckiej. Składał się z części mieszkalnej i magazynowej. W dwóch schronach przeciwatomowych klasy T-7 przechowywano amunicję atomową: głowice i bomby dla Frontu Polskiego i stacjonujących w Polsce jednostek radzieckich. O istnieniu tego obiektu przez lata wiedziało jedynie 12 osób w Polsce. Kompleks nosił kryptonim 3001 i był obiektem wybitnie ściśle tajnym i chronionym w wyjątkowy sposób. Gdyby wybuchła III wojna światowa, jest duża szansa, że zaczęłaby się w Podborsku. W obiekcie 3001, obydwa budynki techniczne (występujące również w nomenklaturze jako schrony T-7), miały powierzchnię 986 m2 każdy i wytrzymałość naprężenia 8 kg/cm2 w czole fali uderzeniowej. W każdym schronie znajdowała się hala załadunkowa, która była połączona z czterema magazynami amunicji atomowej. Każde pomieszczenie mogło pomieścić maksymalnie 20 sztuk amunicji. Oznacza to, że w obiekcie 3001 mogło być przechowywanych jednorazowo 160 głowic jądrowych. Każdy schron posiadał zapasowy system zasilania, instalację wentylacyjną oraz klimatyzacyjną, która z jednej strony utrzymywała stałą temperaturę, z drugiej chłodziła magazyny z amunicją. Dostęp do któregokolwiek ze schronów w obiekcie 3001 był niezwykle rygorystycznie ograniczony do grupy żołnierzy obsługi bezpośredniej. Schrony miały charakter magazynowy i jedynie przechowywano w nich amunicję jądrową. Zadaniem obsługi było wydanie amunicji po rozpoczęciu operacji wojskowej. Byłaby to uwertura do końca świata. W przypadku nadania określonego kodu przez dowództwo Układu Warszawskiego, magazyny zostałyby postawione w stan gotowości. Do obiektu 3001 przybyłyby wzmocnione transporty, przystosowane do przewożenia tego rodzaju ładunków do jednostek docelowych. W literaturze podkreśla się najczęściej, że amunicja jądrowa przekazana zostałaby załodze lotnisk Armii Radzieckiej w Bagiczu i Chojnie. Jest wysoce prawdopodobne, że amunicja atomowa byłaby skierowana również na te kierunki, jednakże nie należy zapominać, że amunicja ta miała być skierowana przede wszystkim do wojsk Frontu Polskiego.